Program Studi Magister Arkeologi menyelenggarakan tiga peminatan yang dapat dipilih oleh mahasiswa, yaitu Arkeologi, Pengelolaan Sumber Daya Arkeologi, dan Museologi.
Mata kuliah wajib dan pilihan (Kurikulum 2021)
Filsafat Keilmuan
Metodologi dan Etika Penelitian
Teori-Teori Kebudayaan
Narasi Warisan Budaya
Dasar-Dasar Arkeologi
Perundangan dan Etika Pengelolaan Warisan Budaya
Sejarah dan Teori Museum
Isu-Isu Arkeologi Indonesia dan Regional
Manajemen Warisan Budaya
Arkeologi Lanskap
Kajian Kritis Hasil Penelitian Arkeologi
Kajian Kritis Manajemen Warisan Budaya
Kajian Kritis Museum
Konservasi Warisan Budaya
Kuratorial Museum
Sains dalam Interpretasi Arkeologi
Internship Manajemen Warisan Budaya
Internship Museum
Internship Arkeologi
Komunikasi dan Promosi Warisan Budaya
Konservasi Koleksi Museum
Tesis